1946-1952年，孟宪民任清华大学地质系教授。

　　1952调任该部地质矿产司副司长。与李华、王逸群等再赴东川铜矿勘查，从而揭开了1953-1955年东川矿区大规模勘探的序幕。

　　1954年，孟宪民将香花岭锡矿地质与美国新墨西哥州含铍矽卡岩对比，指出在香花岭有可能发现条纹岩型铍矿。在他指导下，地质部地矿司开展了香花岭矿物岩石学工作。发现新矿物—香花石，于1958年发表。这是中国地质学家发现的第一个新矿物。

　　1955年被聘为中国科学院生物地学部学部委员（院士）。

　　1956年任地质部矿物原料研究所副所长、所长。

　　1959任地质部地质科学研究院副院长，　

　　1963年秋，孟宪民第三次到东川铜矿，除进一步研究铜矿外，还探讨了该区岩浆岩中有无铌、钽矿化之可能性的问题。　　孟宪民经多次反复对东川铜矿的考察研究，终于解决了东川铜矿之成因与找矿预测问题。前人对于东川铜矿成因大都认为是岩浆热液型。孟宪民认识到东川铜矿属层状和似层状铜矿，怀疑热液成矿论，1962年提出东川铜矿属沉积成因的见解。并从地层、岩性、岩相古地理、矿体形态、产状、矿石结构构造、藻类化石（叠层石）等多方面进行了研究。特别在地球化学方面，从常量元素、微量元素和同位素资料等进行综合研究，否定了铜矿床与二叠纪辉长岩和前震旦纪辉长辉绿岩之间的矿源关系，从而基本上结束了关于东川铜矿床属岩浆期后热液成因的争论。按同生沉积的层控矿床的观点进行预测。当孟宪民发现脉状矿体是沿一定层位分布时，就沿层位布置钻孔，追索主要层状矿体，果然达到预期的目的。

　　孟宪民是后生岩浆热液成矿学派鼻祖W.林格仑的门人，他在早期工作中，也遵循N.L.鲍文（Bowen）的玄武岩浆分异成岩说与林格仑的岩浆热液成矿说之经典理论。在长期实践与探索中，他发现这些学说不能很好地解释许多地质现象，逐渐把立足点转到同生沉积—火山成矿论上来。在找矿思想上，他摒弃了“沿小侵入体找矿”，而主张“沿层找矿”。在他建议下，于1959年在贵州召开了全国铅锌矿会议，在1963年举行长江中下游铁铜矿床成因与找矿方向现场会议。有各个矿床学派参加，并开展了一场大辩论。孟宪民在这些会议上积极倡导了同生论与层控矿床学说。　　在《矿床成因与找矿》中，他以某些矿床为例，指出所谓同生矿床，就是成矿与成岩是同时的，成矿的物质不是成岩后由很远的地方移来的（并非是后生的），过去认为侵入的花岗岩总是作为矿石的重要来源，而火山作用则不重要，以致不值一谈的看法是不对的。火山作用是压倒一切的重要作用，而侵入活动则仅是次要的，实际上是一个破坏的过程。金属的富集要归功于风化和沉积的过程。《矿床分类与找矿方向》中，按五大岩石组合（即大洋中组合、大陆组合、陆缘组合、岛弧组合、原生山脉组合）与五个主要地质时代（太古代—元古代、古生代、中生代、新生代、近代）交叉分出若干矿床类型，并在找矿实践中具体运用。　　孟宪民追索到后生成矿学派关于岩浆侵入、热液交代的一些根本问题，认为花岗岩并非都是“上小下大”和一味向下延伸，而是“有顶有底”；并认为部分花岗岩是火山成因的。他还热烈支持花岗岩化理论。他倡议并组织了1965年在安徽黄山召开的花岗岩讨论会，发表有《关于花岗岩的安放问题》等。

　　1965年，孟宪民领导和组织了长江中下游铜铁矿的找矿研究，与周圣生、郑直、吴功建、黎诺、孙忠和共同撰写了《某些金属矿的找矿方向和方法的初步经验》一文，于1966年正式发表。根据层状矿体、附近有“侵入体”的层状矿体、围绕小侵入体发育的矿体、脉状矿体和在火山岩、“侵入岩”内的若干似层状矿体中，铁、铜、铅、锌、汞、锑、锡7种主要金属之各类矿占总储量的百分比统计分析，认为主要应找层状矿，在某一地区应沿某一已知含矿层位之地层找矿为主，并注意要在不整合面之上，在含矿构造层上部及岩性变异等部位去找矿，对实践很有指导意义。

　　1969年2月18日，孟宪民不幸在“文革”中受迫害致死。噩耗传来，家乡亲友欲哭无泪，感到万分的痛惜。(文/庄元英)