至正二十三年（１３６３），陈祖仁出任治书侍御史。资政使和宣慰使的两位权臣内依太子，外结交丞相为非作歹，监察御史傅公让揭露他们的罪行，激怒了太子，被贬吐蕃。其他御史继续上疏谏言，疏谏皇太子外接不法。陈祖仁亦上书力谏，说：“御史所参劾权臣等奸邪事，并非御史一己之私，而是天下公论。今太子殿下未赐详察，总加阻抑，摈斥御史，责备台臣，使奸臣祸国的情况得不到皇帝耳边，这也是罪过。天下是祖宗留下的天下，台谏的设置是祖宗设置建立的。你连这一切都不顾，不念及祖宗吗？”“区区两权臣都不能解除，何况大事？愿陛下俯听台谏之言，摈斥两人，不令他们成其奸计。使海内皆知陛下信赏必罚。如果优柔寡断，那么臣饿死田野，也不与他们同列朝中。”皇帝看陈祖仁一再上疏台谏不放，心中大怒，贬陈祖仁为甘肃行省参知政事。当时天气冷，陈祖仁单衣上路，将女儿托付给好友。至正二十四年（１３６４），陈祖仁召拜国子祭酒，迁枢密副使。陈祖仁又多次上疏言军政利害未被采纳便自行辞职。后又被召回任翰林院学士，中书参知政事。这时，天下大乱之势已难平息。至正二十八年（１３６８）秋，朱元璋大军攻进大都北京，元惠宗一筹莫展，命陈祖仁守太庙。待陈祖仁前往太庙，大半个北京城已为明兵所占，陈祖仁宁折不弯不肯投降，终为乱军所杀，时年５５岁。
        陈祖仁刚正不阿，坦诚进言，尽职尽责，学识渊博，能诗善文，为世人称道。