1799（嘉庆四）年8月24日，五十四岁的洪亮吉翰林上书成亲王及座师吏部尚书朱珪、左都御史刘权之，请他们转达皇上。书发出后才以原稿给长子饴孙，告诉他要弃官待罪。这天晚上，他与知友相别，朋友们都为他担心，他却义论风生，眠食如常。25日，成亲王等将原书呈上。26日，嘉庆皇帝传旨发往伊犁交保宁将军严加管束。

        27日即行，因事出突然仓促，车马行李都没有准备。亲翁崔景俨和同年王苏、同乡庄曾诒日夜筹划，满洲籍户郡主事成格原本并不认识亮吉，却自动以房券质银300两资助。洪亮吉上号轰动京城朝野，自刑部至兵部直至出彰仪门，慰问者不绝于道，其中很多人是并不认识的。

        28日至良乡，亮吉让长子饴孙回乡主持家务，只带二仆一车夫西行。其行程安排为：自京师至西安2650里行26日，自西安至兰州1690里行18日，自兰州至肃州1470里行18日，自肃州嘉峪关至伊犁11000里行72日，亮吉行李简单，川资匮乏，幸有朋友们解囊馈赠才能到达伊犁。亮吉永远记着这些朋友的名字。十月初八到西安、重雇车马，逗留三日再行。十一月初四日抵兰州，十二月初一日抵肃州，重雇出关长车，除夕到镇西府度岁。正月初二自镇西府西行，十六日抵乌鲁木齐，二月初十抵伊犁惠远城。行程161天至伊犁成所。

        这年四月，京师大旱，嘉庆皇帝虔诚求雨，大赦人犯。洪亮吉因而被准予还多。嘉庆皇帝在大赦诏书中还公开自责处罚上书言事官员。说：“洪亮吉所论实足启沃朕心，故铭诸座右，时常观览。”并且承认给洪亮吉所加罪名“取巧营私之咎，况皆属子虚乌有”。并即传谕伊犁将军保宁，将洪亮吉释放回籍。据记载，闰四月初三日午刻，嘉庆帝朱笔亲书谕旨交军机处颁发中外后，下午即彤云密布落下甘霖。

        四月二十七日，亮吉在伊犁将军署接到赦免谕者，五月初一日，亮吉起程东还，在伊犁百日。同人言自辟新疆以来，汉员赐还之速，未有如先生者。自此，二十日至乌鲁木齐。六月初六日抵哈密。二十一日抵肃州，换车而行。七月十三日抵兰州。月底抵西安。八月十六日抵开封。九月初七日回到家里，从此，自号更生居士。闲居在家，研究学问并以诗书自娱。