1894年中日甲午战争，朝廷内外同样一片主战声，而盛宣怀却一开始就主张和议避战。他清楚知道，李鸿章仅派少量军队到朝鲜只是佯装要与日本人作战，而当时受命赴朝的叶志超的部队没有朝鲜语的翻译，没有一个了解朝鲜地理的官员，这仗怎么打？他因在这场战争中被李鸿章命“总理后路转运事”的工作，而对国内战备、物资、军械、军队和将领等等方面的情况，有更清楚和全面的把握。如他知道周馥在被命“总理前敌营务处”一个多月后，仍不肯赴朝指挥军队；淮军老将刘铭传在各方寄予重望之下，却以病拒绝清廷以“统率前敌诸军”之召；署理两江总督兼南洋大臣的张之洞，坚决不允将南洋兵船拨借给北洋；而在前线作为“总统各军”的叶志超，却调不动各路军队；而再被派赴朝鲜与韩官员联络的袁世凯亦一再延拖不肯前往，等等。故在中日朝鲜战争的战火尚未蔓延到中国国内之际，盛宣怀曾力主中国放弃朝鲜，而让朝鲜成为完全一独立国。当中日在朝鲜的战争打响后，他坚决支持李鸿章请求俄、英、美等国出面在中日之间调停的主张，而与李鸿章一道多次被御史奏劾。李鸿章代表中国签订《马关条约》后，朝廷官员、到北京参加会试的举人，纷纷上书表达毁约继续与日本作战的立场。而盛宣怀坚决反对毁约，事实上“三国干涉还辽”是盛宣怀与驻天津的海关税务司德璀琳等人策划出来的。不能毁约，但可以利用列强之间的矛盾向日本施加压力，让其退还辽东半岛。

      1900年发生义和团运动，6月1日北京开始出事，而从11日起，盛宣怀就不断给李鸿章发电报，说傅相只有你上北京才能把这事压下来，已经建成的卢汉铁路北段工程，好几个路段已经被义和团拆毁了，这以后要赔钱的。建铁路的钱是向比利时和法国借的，而杀害帮助建路的洋工程师则要赔更多的钱。盛宣怀说服不动李鸿章，只好发动南方各省督抚如刘坤一、张之洞和王之春等人，联名给李鸿章发电报，劝其赴北京阻止清廷利用义和团赶杀外国人的行为。就在李鸿章准备去北京时，传说清廷离开北京要西逃。盛宣怀赶快发电报给西太后的亲信荣禄，并联系张之洞、刘坤一和袁世凯等人，设法阻止清廷西逃。他认为，如果清廷西逃，1860年咸丰皇帝逃出北京，“庚申之变”的故事又会重演，而庚申之变的教训如此深刻。

      清廷6月6日以后所有的上谕都是“矫诏”，不是光绪皇帝和西太后所发，是把持了朝政的“拳党”所发。这是盛宣怀在6月25日发电报给李鸿章、刘坤一和张之洞所说的话，所谓“初十（6月6日）以后朝政皆为拳党把持，文告恐有非两宫所自出者，将来必如咸丰十一年故事乃能了事。今为疆臣计，如各省集义和团御侮，必同归于尽”。为严密封锁清廷要沿江沿海各省督抚遵照诏集义和团民与外国人作战，以及为战争所作武器和军费的筹集工作的上谕，盛宣怀不但多次致电李鸿章、张之洞和刘坤一商讨对策，他还多次致电上海、苏州等各地，包括长沙、成都在内的十八个电报分局，下达命令，不准传抄清廷上谕，“如有泄露，惟该局员是问。”盛宣怀在南方一面封锁清廷向各国宣战的上谕，一面策动刘坤一和张之洞等人，与各国驻上海领事签订东南互保条约，以维护和确保南方各省不发生排外的义和团活动，以及外国军队不侵扰南方各省。

      9月14日，李鸿章终于以清廷任命的议和大臣的身份从上海坐船北上，赴北京和庆亲王奕劻与八国联军代表谈判停战议和协定。八国联军的谈判代表开出的停战议和的首要条件，是处罚此次支持义和团运动“肇事祸首”的官员和顽固排外的满族亲贵。而要处罚肇事祸首和满族亲贵，不但清廷高层不同意，就是在盛宣怀、李鸿章与刘坤一、张之洞和袁世凯之间，意见也有分歧。此时盛宣怀极力鼓动李鸿章上奏说明，非处罚肇事祸首和满族亲贵，八国联军不会停战议和，而他则以“督办铁路事务大臣”的名义，单独上奏请求惩治义和团运动发生最早之地的原山东巡抚毓贤，以及指挥围攻北京外国使馆和教堂的甘军将领董福祥等人。盛宣怀批评清廷不愿意处罚肇事祸首和满族亲贵的行为，将造成“和局愈拖愈坏。缓一日多赔款不止百万，多伤人不止百命，终必照办，何不悟也”，抨击清廷在此际仍然执迷不悟，为保全皇亲国戚和顽固排外官员，完全不顾虑国家和人民的生命财产损失。在清廷处罚了一部分肇事祸首的官员后，联军代表终于同意停战议和签署议和大纲。但是由于清廷仍然不同意惩治董福祥，联军代表尤其是德国等国，坚持要在清廷严惩董福祥等人之后，才开议议和大纲的细则和撤兵。1901年1月15、16、19日，盛宣怀以“会办商务大臣”之名义，三次独自致电军机处，反复申论必须将董福祥等人重治，否则议和大纲细则难以开议，尤其是德国，“祸首不办，藉词永不撤兵，恐生大变”。当时的事实是，议和大纲细则迟一日开议，北方之乱的处置就将晚一日解决，八国联军的军事活动亦将晚一天结束；而在中国的列强军队晚一日撤出，中国不但将为其每一日的费用付出数百万两银的赔款，而且无数平民百姓的生命财产均将遭受损失和威胁。

      1月27日，清廷终于向盛宣怀和李鸿章发来一份密旨，此密旨作为李鸿章和奕劻与八国联军代表谈判需要时提交的备忘录。清廷所谓“今姑拟密旨，电交盛宣怀电商全权大臣，如不至迫我刻期必办，始允撤兵，则可出示密旨向商，使之释疑撤兵”，即清廷以备忘录的形式向联军谈判代表作出最终将严惩董福祥等人的承诺，事情终于出现转机，议和大纲的细则十二款终于开议。关于此次事件的所谓“庚子赔款”，刘坤一、张之洞等封疆大吏都各自提出了看法和方案，而清廷最终采纳了盛宣怀这个理财专家的意见和方案。他的意见和方案得到海关总税务司英国人赫德的支持，即中国政府把长江各口岸和各个城市之间的常关税、厘金和盐税交给赫德主持的海关来管理，这样的话可以减少贪污浪费而保证税收，同时可以与外国谈判提高进口关税，然后用这些税款作为抵押分40年来还赔款；另外，每年对外国的赔款数额，必须要在保证中国政府的行政开支之外，赔款数额应该根据中国政府的税收的增长而增加。最后，清廷和八国联军的谈判代表采纳了盛宣怀和赫德的赔款方案。

      不过，盛宣怀在义和团运动之中和之后诸如主张严惩肇事祸首的官员和顽固排外的满族亲贵，以及将长江各口岸和各个城市之间的常关税、厘金和盐税交给赫德主持的海关来管理，由此增加中央政府的税收等等主张，均严重损害了地方督抚的利益，而遭致各省督抚尤其是刘坤一、张之洞和袁世凯等人的强烈反对并成为他们的政敌。19世纪末20世纪初期的清廷已是腐败透顶，这是不争的事实，而盛宣怀却要维护清廷中央的利益，这就是无论他在清末还是民国，或是当下的社会和学界，无法获得实事求是的评价的重要原因吧。