顾宪成于万历二十二年(１５９４)罢官回乡讲学，深感很需要一个固定聚会讲学的场所。他看中了旧时杨龟山在无锡讲学十年的遗址东林书院。他与同人多次呈请官府支持、批准。当时常州知府、无锡知县及邻近郡县的官员都支持潜心教育、培训人才的有心人。得到官府批准，顾宪成便发动四乡缙绅捐资助银，他自己则带头捐资做出榜样。当时，连苏州、松江、嘉兴府等地的地方官员也都积极捐银出资。有了地方官绅的广泛支持，修复工程得以顺利进行，万历三十二年(１６０４)四月动工，至同年九月九日就完工了。只用了一千二百多两银子。从此，讲学有了一个崭新的基地，顾宪成的讲学活动也进入了全盛时期。
        东林讲学以儒家经史著述为主，也兼及一些必要适用的自然科学知识。顾宪成注重兴贤育才，注重社会研究，提倡实在学问。他是常州经世致用学术思想的创始人和倡导者之一、薛应旗的嫡传弟子。他在东林书院的课程设置和讲课主题活动中充分发扬了常州老师教给的经世致用的学术特点。把读书、讲学和关心国事紧密地结合在一起。顾宪成年轻时拟的对联“风声、雨声、读书声，声声入耳；家事、国事、天下事，事事关心”就是他们读书讲学而不忘国家安危的真实写照。东林书院讲学的这种经世致用的学术特点广泛吸引了国内许多有志之士。据《明史》记载：“当是时，士大夫抱道忤时者，率退处林野，闻风响附”，有志之士从天南地北，千里跋涉来到东林书院。
        东林书院的美名很快遍及大江南北。在朝廷也引起了极好的反响。顾宪成与同郡几位主要执讲者，即其弟顾允成与高攀龙、安希范、刘元珍、叶茂才，武进钱一本、薛敷教，被时人称为“东林八君子”。
        顾宪成在东林聚众讲学，言谈举止竭诚坦荡，朝中对东林学人印象和看法都很好。万历三十五年(１６０７)六月，吏部在推荐被削职为民的在野官员中，属“人品正大，心事光明，急宜起用”的，共计上呈的名单有一百三十八名。其中就列有顾宪成、安希范、顾允成、薛敷教、钱一本等在东林书院讲学的主要人物。同年七月，山西巡抚魏元贞又向朝廷上书推荐无锡顾宪成，宜兴史孟麟等人，认为他们“德可佐圣”，“才足济时”。