1907年，亦即陆心源殁后13年，陆氏藏书被其后代秘密卖于日本藏书家岩崎氏，藏于其创办的私人图书馆——日本静嘉堂文库。日本学者岛田翰研究后，撰写了《皕宋楼藏书源考》。董康看到此书，方知皕宋楼藏书渊源。于是，出资刊刻了岛田翰此书并为之作跋。跋文中，董康坦言——

　　陆氏《藏书志》所收，俱江浙诸名家旧本。古芬未坠，异域言归。反不如台城之炬，绛云之烬，魂魄犹长守故都也。为太息者累月。

　　同时，董康还记下了当时学术界、藏书界对陆氏藏书“舶载以东”的强烈反映——

　　闻皕宋楼书既归日本，全国学子动色相告，彼此相较同异，如斯世有贾生能无痛哭！

　　董康刻书成果巨大，先后刻成《诵芬室丛刊》86种、《广川词录》10种、《诗慰》34种、丛书丛刊30余种。又为吴昌绶、陶湘、蒋汝藻等人代刻书籍，所刻书多为海内孤本。刊刻精良，妙丽绝伦。黄裳《珠还记幸（修订本）》载周叔弢言——

　　当民国初年，董康、吴昌绶刻印之书，纸墨精良，比之明代书帕本，要高万倍。

　　此外，董康还印刻了大量孤本书，如明代黄方胤的《陌花轩杂剧》(包括《倚门》《再醮》《淫僧》《偷期》《督妓》《娈童》《惧内》等)、明代沈泰的《盛明杂剧六十种》(包括徐渭《回声猿》、康海《中山狼》、陈与郊《昭君出塞》、孟称舜《桃花人面》等)、《石巢传奇》，以及毛评本《西厢记》，为保存我国戏曲艺术财富，作出了巨大贡献。